Fundada em 12 de janeiro de 1861, no Rio de Janeiro, pelo imperador D. Pedro II, a Caixa tinha como missão conceder empréstimos e incentivar a poupança popular. Com a extinção do Banco Nacional de Habitação (BNH), em 1986, a empresa transformou-se na maior agência de desenvolvimento social da América Latina, administrando o Fundo de Garantia por Tempo de Serviço (FGTS) e tornando-se o órgão-chave na execução das políticas de desenvolvimento urbano, habitação e saneamento.
Em 1990, a instituição passou a centralizar quase 130 milhões de contas do FGTS, consolidando sua missão de ser o principal agente de transferência de benefícios do governo federal para a população brasileira.
A Caixa também repassa recursos do Ministério do Trabalho e da Educação a instituições particulares de ensino, por intermédio do Crédito Educativo. O apoio a micros e pequenas empresas é feito por meio de linhas de crédito com juros reduzidos.